Le prime testimonianze di vita sull’isola sono ascrivibili al Neolitico quando è attestata una frequentazione presso Monte Castello: qui sono stati recuperati frammenti di vasellame, rocchetti per la tessitura ed una macina, oltre a utensili in ossidiana che testimoniano l’inserimento di Capraia nella rotta che doveva congiungere Corsica e Sardegna con il continente. Successivamente si suppone che sia stata prima base navale etrusca e quindi sicuramente centro romano di controllo delle rotte in chiave anti – cartaginese. Presso la chiesa dell’Assunta sono stati recuperati una base di colonna, un busto di Venere e un sarcofago in marmo, a testimonianza della probabile esistenza di un’area sacra. Nel periodo tardo antico, a partire dal IV secolo d.C., Capraia ospitò una comunità cristiana anacoreta che scelse di vivere in totale isolamento e quindi, nel corso del V secolo, vide l’avvicendarsi di monaci Zenobiti che introdussero la coltivazione della vite africana e costruirono il monastero di Santo Stefano. Tale comunità è la prima testimoniata dalle fonte scritte e dovette riscuotere una certa fama se anche Rutilio Namaziano la cita nel De Reditu suo del 416.
A partire dal IX secolo d.C. Capraia fu scenario di continui scontri con i pirati e fu prima abbandonata per quasi due secoli, quindi rioccupata alternativamente dai pisani e dai pirati fino alla battaglia della Meloria del 1284, che ne sancì l’ingresso sotto l’orbita di influenza genovese. La città della Lanterna eresse a partire dal 1540 il sistema difensivo composto dalla fortezza di San Giorgio e dalle tre torri di avvistamento.
Dal 1873 al 1986 è stata sede di una colonia penale (Colonia Penale Agricola di Capraia) che provocò una massiccia emigrazione della popolazione autoctona.
Oggi l’Isola di Capraia offre l’opportunità di una visita e di un soggiorno che vi proietteranno in un paradiso di serenità e pace, a contatto con la natura e con una storia millenaria.