L'île a connu une occupation importante pendant la période romaine, entre la fin de la République et l'Empire, lorsque la famille Enobarbi l'a choisie comme base pour l'une de ses villas maritimes (avec celles de Saraceno sur le Giglio et de Santa Liberata près de Porto Santo Stefano). L'énorme étendue du complexe occupait toute la partie orientale de l'île, distribuant dans son maquis méditerranéen des structures productives et fonctionnelles, comme les citernes et les étangs à poissons, ainsi que des parties de la partie résidentielle, comme les péristyles, les chambres, les salles de réception et les latrines. Après les splendeurs de l'époque romaine, l'île est restée inhabitée pendant de nombreux siècles, en raison de sa situation en pleine mer et de son relief presque plat qui ne permettait pas de créer des abris naturels en cas d'attaques de pirates. Les pirates eux-mêmes y débarquaient souvent pour trouver des caches temporaires dans les grottes de l'île, en préparation des assauts vers la côte toscane. Intégrés à l'État des Presidi dans la seconde moitié du XVIe siècle, les souverains espagnols ont étudié la possibilité de construire un système de défense sur Giannutri, mais ces projets n'ont jamais été concrétisés. Au lieu de cela, le Forte della Scoperta a été construit au début du XIXe siècle par les Français pendant la période napoléonienne, en collaboration avec les régents du royaume d'Étrurie, mais il n'en reste aucune trace. En 1861, alors que l'île faisait partie du Royaume d'Italie, un phare fut construit le long de la côte sud pour signaler l'île la nuit aux navires de passage. Finalement, l'île fut attribuée à la commune d'Isola del Giglio, dans la province de Grosseto. Le riche mobilier en marbre, associé aux grands volumes monumentaux des pièces, a attiré les chercheurs et les passionnés d'archéologie sur l'île depuis le XIXe siècle. Les fouilles des structures auxquelles ils ont consacré leur vie ont été effectuées avec amour et dévouement, plongés dans la contemplation du passé.
Nombreux sont ceux qui tombèrent sous le charme de Giannutri : en premier lieu l'ancien Garibaldino Adami et sa compagne Marietta qui, séduits par cette paix, décidèrent de passer leurs jours en exil volontaire sur la petite île, en compagnie des mouettes, de la mer cristalline et des vestiges de la grande villa romaine qui avait appartenu à Néron.
