L'île compte trois centres habités : Giglio Porto à l'est, Giglio Castello à 405 m d'altitude et Campese à l'ouest. Ces trois localités, qui comptent ensemble 1 550 habitants, ont toutes des origines historiques très anciennes. Le port se dresse sur les vestiges de l'ancienne Villa romaine del Saraceno, un grand complexe résidentiel de la famille sénatoriale des Enobarbi, habité dès la fin de la République et intégré par la suite aux habitations des pêcheurs de l'île ; le château, quant à lui, est un exemple de construction militaire appartenant d'abord à la famille Aldobrandeschi (la Rocca dans la partie supérieure remonte au 10e-11e siècle après J.-C.), puis aux Pisans.J.-C.) et Pisan ensuite, avec la construction du charmant village à partir du XIIe siècle après J.-C. ; les preuves de fréquentations plus anciennes ne manquent pas, à commencer au moins par les Villanoviens et plus tard par les Étrusques. Campese, en revanche, est un village minier, lié à l'extraction de la pyrite, connue et fréquentée dès la préhistoire, comme en témoignent les objets néolithiques retrouvés dans la région. L'histoire et la culture sont disséminées sur le territoire du Giglio et, avec un peu d'imagination, il n'est pas difficile de se représenter la vie des hommes qui ont choisi l'île depuis l'Antiquité pour vivre en contact avec la nature et exploiter les ressources de ce paradis sur terre.
