Il museo si trova all'interno dell mestosa Fortezza della Linguella, negli spazi che ospitavano i magazzini del sale. Il percorso racconta la storia dell'Elba dall'VIII sec a.C. all'età romana, attraverso i ritrovamenti terrestri e subacquei. Racconta l'importanza dell'isola nell'antichità per il fero e per i commerci marittimi. Sono esposti qui anche i reperti delle "fortezze di altura", della necropoli del Profico di Capoliveri, della Villa romana delle Grotte e della Linguella